Los Mayas  quienes compartieron con otras culturas mesoamericanas algunos rasgos culturales como la creencia en varios dioses y la creencia en la vida después de la muerte, predecían con pulida exactitud los eclipses lunares y solares, calculaban los movimientos de los planetas, descubrieron la idea matemática del cero e incluso crearon un calendario más exacto aún que el utilizado actualmente.  

Ya en el siglo XV, los Reyes Católicos de España apoyaron al navegante Cristbal Colón en su proyecto de buscar especies y oro en el Oriente. Sin embargo, durante los cuatro viajes que Colón realizó, lo hizo con destino a América y no a las Indias como él siempre creía haber hecho. Desde Agosto de 1502 a Mayo de 1503, Colón y sus cuatro naves recorrieron el litoral centroamericano. Incrédulos, los nativos observaban a un grupo de personas con piel pálida que hablaban y gritaban en una lengua extraña,  Colón se acercó y estableció contacto con el cacique siendo éste un importante acontecimiento en una doble vertiente: un encuentro entre los habitantes de la vieja Europa y de la América indígena.  

En 1510 el navegante español Vasco Núñez de Balboa fundó en el Darién (Panamá) la primera colonia productiva de América, y precisó de mano de obra procedente del continente africano para el cultivo del azúcar. Fue su sucesor, Pedreras Dávila quien amplió la extensión hacia el norte y hacia el sur. 

Desde el s. XVI hasta el s. XIX la Centroamérica colonial estuvo dividida en dos jurisdicciones, por un lado la audiencia de Guatemala, que se extendía desde Chiapas (actualmente estado del sur de México) hasta Costa Rica, que era parte del virreinato de Nueva España y gozaba de cierta autonomía en el que su capital, La Antigua, se convirtió en centro burocrático, eclesial, comercial y administrativo. Por otro lado, el resto del territorio centroamericano (el que ocupa la actual república de Panamá), con su importante ruta de tránsito, se agregó al virreinato de Nueva Granada, inicialmente dependiente del virreinato del Perú. 

Después de la llegada de los españoles en el s. XVI, la gran mayoría de la población de América Central comparta una misma historia a excepción de Belice que fue poblada por los británicos hasta el año 1973. 

En el año 1821, Centroamérica declara su independencia de España haciéndose efectiva el 15 de Septiembre. Actualmente, y desde el año 1951 con la creación de la  Secretaría General de la Organización de Estados Centroamericanos, la región se ha visto involucrada en un proceso de integración que aún se mantiene y se refuerza día a día.